В июне 2021 года ГУАП успешно прошёл процедуру ресертификации системы менеджмента качества. Органом по сертификации системы менеджмента выступил ООО «Тест-С.-Петербург».
Полученные сертификаты подтверждают соответствие требованиям стандартов ГОСТ Р ИСО 9001-2015, ISO 9001:2015 деятельности Университета в области ведения образовательной деятельности в сфере высшего образования, среднего и дополнительного профессионального образования российских и иностранных граждан и проведение научных исследований.